Pendidikan yang ada di pondok pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata bata puteri awalnya masih bersifat non formal, baik Madrasah Ibtidaiyah maupun Madrasah Tsanawiyah. Dari fenomena yang ada, muncullah keinginan dari sebagian Asatidzah agar pengetahuan yang dimiliki para tenaga pengajar dan para murid, nantinya memiliki legalitas formal (ijazah) yang diakui oleh pemerintah. Akhirnya dibukalah Madrasah Aliyah formal yang sebelumnya telah berdiri Madrasah Tsanawiyah formal. Disinilah cikal bakal munculnya Madrasah Aliyah formal.

Pada tahun 2005 dibukalah Madrasah Aliyah putri yang sistem pengelolaannya menyatu dengan Madrasah Aliyah putra di bawah naungan yayasan Al-Khairat. Dari tahun ke tahun jumlah murid semakin bertambah pesat dan lokal yang ada tidak memadai, akhirnya kegiatan belajar mengajar untuk kelas 10 dilaksanakan di siang hari.

Pada tahun pelajaran 2017/2018 peserta UNBK (Ujian Nasional Berbasis Komputer) Madrasah Aliyah Mambaul Ulum Bata-Bata, berjumlah 1023 orang, sedangkan kotak yang disediakan untuk peserta UNBK tahun pelajaran 2017/2018 hanya tiga dijit dengan jumlah peserta 999 orang. Dari ketentuan tersebut, otomatis ada siswa yang tidak bisa dimasukkan sebagai peserta UNBK di madrasah Aliyah Mambaul Ulum Bata-Bata sebanyak 24 orang. Sebagai solusi cepat untuk tetap ikut UNBK pada tahun pelajaran 2017/2018 dengan sangat terpaksa harus dimutasi ke Madrasah Aliyah lain yaitu Mambaul Ulum Batu Gungsing. Akan tetapi, dengan tindakan ini sebagian siswa merasa kecewa dengan alasan sudah lama menjalani proses belajar di MA Mambaul Ulum Bata-Bata tetapi pada akhirnya, harus memiliki ijazah bukan dari MA Mambaul Ulum Bata-Bata.

Dengan kondisi diatas, menjadi pemikiran serius dari pengelola Madrasah Aliyah dan bermusyawarah serta berkonsultasi dengan Kementerian agama Kabupaten Pamekasan bidang Pendidikan Madrasah untuk mencari problem solving agar fenomena tersebut tidak terjadi lagi pada tahun selanjutnya. Hasil musyawarah tersebut menjadi solusi terbaik untung keberlangsungan dan kesempurnaan proses pendidikan peserta didik yaitu adanya pemekaran MA Mambaul Ulum Bata-Bata menjadi  dua lembaga yang dikelola secara mandiri, dan diberi nama “MA Mambaul Ulum Bata-Bata 1” yang lokasinya ada di komleks pondok pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata putri. 

Hasil Musyawarah bersama antar pengelola ini diajukan kepada salah satu Dewan A’wan RKH. Moh.Thohir Zain, dan al-Hamdulillah beliau merespon baik, akan tetapi beliau menyarankan untuk  Madrasah Aliyah yang berlokasi di pondok Mambaul Ulum Bata-Bata putri dikelola dibawah naungan Yayasan Mambaul Ulum Bata-Bata.

Pada tahun pelajaran 2018/2019 pihak yayasan mengajukan idzin operasional pendirian MA Mambaul Ulum Bata-Bata I ke Kantor Kementerian Agama Wilayah  Provinsi Jawa Timur. Syukur Al-Hamdulillah pada tanggal 09 Juli 2018 MA Mambaul Ulum Bata-Bata I telah mendapatkan NSM (Nomor Statistik Madrasah) 131235280106 dari Kementrian Agama Propinsi Jawa Timur. Dengan ucapan bismillah semoga berkah memohon pertolongan Allah. Pada tahun pelajaran 2018-2019 dimulailah proses pembelajaran secara mandiri untuk kelas 10. Dan tanggal 09 Juli 2018 ditetapkan sebagai tahun mandiri dan atau berdirinya MA Mambaul Ulum Bata-Bata 1 Pamekasan yang berada di lintasan Pamekasan – Palengaan km 8,2 tepatnya di komleks pondok pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata putri dusun Bata-bata RT. 001 RW. 003 Desa Panaan Kecamatan Palengaan Kabupaten Pamekasan Provinsi Jawa Timur